Согласно абзацам второму и пятому пункта 3 статьи 346.1 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) организации и индивидуальные предприниматели, являющиеся налогоплательщиками единого сельскохозяйственного налога, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость (за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с Кодексом при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией (включая суммы налога, подлежащие уплате при завершении действия таможенной процедуры свободной таможенной зоны на территории Особой экономической зоны в Калининградской области), а также налога на добавленную стоимость, уплачиваемого в соответствии со статьями 161 и 174.1 Кодекса).
Пунктом 12 статьи 9 Федерального закона от 27.11.2017 N 335-ФЗ "О внесении изменений в части первую и вторую Налогового кодекса Российской Федерации и отдельные законодательные акты Российской Федерации" (далее - Федеральный закон) установлено, что вышеуказанные положения абзацев второго и пятого пункта 3 статьи 346.1 Кодекса применяются по 31 декабря 2018 года включительно.
Таким образом, организации и индивидуальные предприниматели, являющиеся налогоплательщиками единого сельскохозяйственного налога, с 1 января 2019 года признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость.
В соответствии с абзацем вторым пункта 1 статьи 145 Кодекса организации и индивидуальные предприниматели, применяющие систему налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей (единый сельскохозяйственный налог), имеют право на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога, при условии, что указанные лица переходят на уплату единого сельскохозяйственного налога и реализуют право, предусмотренное данным абзацем, в одном и том же календарном году, либо при условии, что за предшествующий налоговый период по единому сельскохозяйственному налогу сумма дохода, полученного от реализации товаров (работ, услуг) при осуществлении видов предпринимательской деятельности, в отношении которых применяется указанная система налогообложения, без учета налога не превысила в совокупности: 100 миллионов рублей за 2018 год, 90 миллионов рублей за 2019 год, 80 миллионов рублей за 2020 год, 70 миллионов рублей за 2021 год, 60 миллионов рублей за 2022 год и последующие годы.
Учитывая изложенное, с 1 января 2019 года налогоплательщики единого сельскохозяйственного налога имеют право на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика налога на добавленную стоимость при выполнении условий, установленных статьей 145 Кодекса. Чтобы получить освобождение, нужно подать в инспекцию письменное уведомление не позднее 20-го числа месяца, с которого планируется применение освобождения (пп. "б" п. 1 ст. 2 Федерального закона от 27.11.2017 N 335-ФЗ).
Если у налогоплательщика единого сельскохозяйственного налога сумма дохода, полученного от реализации товаров (работ, услуг) при осуществлении видов предпринимательской деятельности, в отношении которых применяется единый сельскохозяйственный налог, превысила 100 миллионов рублей за 2018 год без учета налога, то указанные налогоплательщики наряду с уплатой единого сельскохозяйственного налога обязаны начиная с 1 января 2019 года исчислять и уплачивать налог на добавленную стоимость в порядке, установленном главой 21 Кодекса.
Данная позиция отражена в письме Федеральной налоговой службы от 18 мая 2018 г. N СД-4-3/9487@.